Місто Марганець розташоване на місці однієї з козацьких Січей. У південній частині міста, в районі Острів, поміж річкою Томаківка і Каховським морем є на пагорбі сад, який колись був островом Томаківка, де з 1530-их до 1593 р. існувала Томаківська Січ. Через протоку з островом розташовувалося козацьке селище Городище.
Кінець ХІХ ст. характеризувався бурхливим розвитком чорної металургії на Півдні України. Відкриття марганцевого родовища поблизу від металургійних заводів Донбасу та Придніпров'я у поєднанні зі сприятливими умовами залягання та розробки марганцевих руд стало значним фактором у розвитку басейну та металургійної промисловості в цілому. Ще з кінця позаминулого століття тут почався видобуток марганцевої руди. Першою руднею була Городищанська, за нею з'явились інші, а навколо рудень виникли робітничі селища.
1926 року селище Городище отримало нову назву — Комінтерн. У 1938 році до його складу увійшли довколишні території. 1938 року Указом Президії Верховної Ради УРСР ці поселення були об’єднані, новому населеному пункту надано статус міста і названо Марганцем.